Die Gründung des FMB im Jahre 1850 fiel in eine Zeit wiedererwachenden Selbstbewusstseins einer Bürgerschaft, die nach der Kantonstrennung, verbunden mit einem finanziellen Aderlass und eidgenössischen Demütigungen, nach Reformen und gesellschaftlicher Neuordnung suchte. Dazu gehörte auch ihr Bekenntnis zur Universität und deren Sammlungen, dem Universitätsgut.
Ein Jahr vor der Gründung des Vereins war das dazumals monumentale Museum an der Augustinergasse eröffnet worden. In diesem Bau waren die Sammlungen nicht nur der Öffentlichen Bibliothek, sondern auch jene der bildenden Kunst, der Historischen und Naturhistorischen Abteilungen, der Völkerkunde und der Skulpturhalle vereinigt.
Sogleich nach der Gründung nahm der Museumsverein seine Tätigkeit auf und bemühte sich von Anfang an alle Sammlungen zu berücksichtigen, und so kamen sie bereits in den ersten drei Jahren alle in den Genuss von Objekten und Geldbeiträgen.
Eine Liste der seit 1850 zugunsten der Museen gekauften Sammlungsobjekte, Vergabungen und Unterstützungen finden Sie hier. Zudem berichtet die Kommission an der jährlichen Mitgliederversammlung über die Vergabungen.
Im Laufe der Jahre wurden die Sammlungen aus Platzgründen ausgelagert und entwickelten sich zu eigenständigen Museen, so unter anderem das Historische und das Naturhistorische Museum, das Kunstmuseum, das Antikenmuseum sowie das Museum der Kulturen.